Principal estrada federal que atravessa o município, a BR101 liga o Vale do Itajaí a praticamente todo o país, enquanto a BR486 (Rodovia Antônio Heil), a partir da 101, faz a ligação de Itajaí com outras regiões do estado e dará acesso ao Distrito de Inovação através de via local, um percurso de apenas 500 metros.
Itajaí conta ainda com a SC412, que segue até Blumenau.

Localizado na vizinha cidade de Navegantes, o Aeroporto Internacional Ministro Victor Konder é o segundo maior de Santa Catarina e fica cerca de 25 minutos de distância do Distrito de Inovação Regional de Itajaí, através da BR101. É mais um grande facilitador para a movimentação de executivos a negócios.

Um dos principais portos brasileiros, o Complexo Portuário de Itajaí é o segundo em movimentação de contêineres, sendo o maior exportador de carne congelada do Brasil, atendendo a empresas de quase todos os estados brasileiros.

A estratégia de locomoção de Itajaí explora as conexões com o sistema de transporte do município, adequando o plano diretor às necessidades dos vários usuários e veículos, maximizando a utilização dos modos sustentáveis e priorizando a caminhada, o ciclismo e o transporte público, buscando, assim, fornecer um alto nível de integração entre as áreas circundantes.